АФ РАЕН создан по инициативе академика РАЕН, доктора химических наук Мелик-Оганджаняна Рафаэля Гегамовича в 1997 году (зарегистрирован в Министерстве юстиции РА 19.09.1997г.). Филиал является творческим объединением выдающихся ученых и специалистов РА и зарубежных стран, работающих в области естественных наук, руководствуется в своей деятельности Конституцией и действующим законодательством РА и Уставом. АФ РАЕН имеет свои отделения в Гюмри, Сюнике и Арцахе. Президентом АФ РАЕН является д. х. н., академик РАЕН Р.Г. Мелик-Оганджанян, почетными президентами АФ РАЕН - академик НАН РА Ф.Т. Саркисян и выдающийся японский ученый, художник и гуманист, академик РАЕН Тадаси Гоино. Действительными членами АФ РАЕН на сегодня являются более 200 ученых и специалистов, в том числе академики НАН РА, лауреаты Государственных премий, доктора и профессора ведущих научно-исследовательских организаций, высших учебный заведений.

Основными целями Армянского филиала - составной части РАЕН, являются:

• консолидация усилий по возрождению, сохранению, взаимному обогащению национальных культур, гармонизации межнациональных отношений;
• осуществление независимой общественной технико-экономической и экологической экспертизы важнейших программ и проектов;
• поддержка исследований по ведущим направлениям естественных и гуманитарных наук, содействие внедрению их результатов в практику.

Печатным органом АФ РАЕН является научный журнал "Глобус Науки".

АФ РАЕН, кроме действительных членов, объединяет в себе также более 150 ученых и специалистов со статусом почетных профессоров и докторов.

Академия является юридическим лицом и в установленном порядке, и в полном соответствии с действующим законодательством осуществляет научную, хозяйственную и просветительскую деятельность. Структура АФ РАЕН предполагает наличие профилированных по роду сферы интересов отделений и секций, состоит из отделений: медицинских, химических, биологических, технических, физико-математических и военных наук.

Главными принципами, положенными в основу формирования и деятельности АФ РАЕН являются:

• демократичность, самоуправляемость и независимость науки;
• отказ от монопольности и бюрократичности в управлении наукой;
• альтернативность решения научных проблем;
• преодоление разрыва между наукой и образованием, между научно-исследовательской деятельностью и практическим внедрением научных разработок.

Исходя из изложенных принципов стратегические направления деятельности АФ РАЕН:

• организация и координация фундаментальных и прикладных научных исследований в области естественных и гуманитарных наук, разработка и реализация приоритетных исследовательских программ и внедрение их результатов в практику;
• содействие международному сотрудничеству в области науки, образования и культуры, интеграция армянских ученых в мировое научное сообщество;
• защита законных прав и интересов ученых-членов Академии - в государственных и негосударственных структурах;
• содействие интеллектуализации и гуманизации общества на основе совершенствования воспитания и образования, возрождение и развитие национальной культуры, гармонизация межгосударственных отношений;
• способствование оптимизации системы образования, подготовка высококвалифицированных научных кадров и создание условий для их научного творчества.

АФ РАЕН считает необходимым: создание банка данных по направлениям деятельности армянского филиала Академии;

• осуществление справочно-информационной деятельности;
• проведение научных семинаров, конкурсов и обсуждений;
• участие армянских ученых в разработке и реализации международных научных программ и проектов;
• популяризацию деятельности армянских ученых и их достижений.

Академией могут присуждаться почетные звания, памятные знаки, медали и дипломы, которые вручаются за выдающиеся успехи в научной и общественной деятельности.